Isomaltulose is zoals biet- en rietsuiker (sucrose, sacharose) een disacharide bestaande uit glucose en fructose. Door een meer rigide binding, namelijk een α-1,6 binding in vergelijking met een α-1,2 binding, wordt isomaltulose echter in ons lichaam door onze verteringsenzymen veel trager opgesplitst in glucose en fructose. Het zijn immers enkel de enkelvoudige suikers zoals glucose en fructose, die door de wand van onze dunne darm in ons lichaam worden opgenomen.
Deze tragere vertering en absorptie van isomaltulose in vergelijking met andere koolhydraten zoals fructose, glucose, sucrose en maltodextrine, zorgt voor enkele unieke effecten op ons lichaam. Het resulteert onder meer in een lagere glycemische respons (tragere en lagere stijging van de bloedsuikerspiegel) en een meer gecontroleerde vrijstelling van glucose, en dus energie, aan het lichaam. Een bijkomend belangrijk gevolg is het verhoogd aandeel van de vetverbranding in de energievoorziening van ons lichaam.